En el año 2013, se enfrentarían nuevamente en una final el embajador y el verdolaga, esta vez por copa Colombia, en el cual empatarían en el partido de ida en la ciudad de Bogotá, con un marcador de 2-2, para posteriormente terminar el partido de vuelta en la ciudad de Medellín con un resultado de 1-0 a favor del equipo antioqueño. En el Torneo Finalización 2011 se enfrentaron en las semifinales, en el partido de ida ganó el embajador 3-0 y en el de vuelta cae por el mismo marcador y en definición por penaltis queda 5-4 a favor de Junior que clasifica a la gran final. La rivalidad entre Millonarios y Junior empezó desde casi su mismo regreso a la liga en 1966 y ya en 1968 empezarían las refriegas tras perder un tercer puesto contra el embajador, pero desde entonces la arenosa mostraría una férrea resistencia al azul especialmente en el Metropolitano, en contraparte Atlético Junior tendría dificultades para ganar en Bogotá. En 1989 se pensó en construir su propio estadio para convertirse en el primer equipo colombiano con estadio propio, pero el proyecto no llegó muy lejos porque no encontraban terrenos aledaños a la capital lo suficientemente grandes como para albergar una construcción de tal magnitud.
Estadio el Campin, y otra más grande para realizar trabajos tácticos. El partido de ida jugado en Bogotá finalizó con un marcador de 0-0. En el partido de vuelta, jugado el 7 de febrero en la ciudad de Medellín los Embajadores remontaron un 1-0 con un doblete del delantero paraguayo Roberto Ovelar, ganando así por primera vez la Superliga, y rompiendo una racha negativa de 7 años sin ganar en el Estadio Atanasio Girardot. El mismo año, en semifinales, se cruza con América de Cali, al cual vence en el partido de ida disputado en el Estadio Pascual Guerrero 2 goles contra uno. La mala racha de 15 años sin derrotar a Atlético Nacional en Medellín por torneo local terminó la tarde del 2 de noviembre de 2011 con un triunfo 2-0, con goles de Luis Mosquera y Edison Toloza. En 1994, durante el cuadrangular final del torneo colombiano, Atlético Nacional con un gol a falta de 10 minutos para finalizar el clásico Paisa, le arrebata el título a los embajadores, que habían ganado su encuentro contra el América, en la ciudad de Bogotá por 3 goles a 0. En 1995, pareció repetirse la historia por Copa Libertadores: Millonarios volvió a ganar su grupo en la primera ronda, con un empate contra Atlético Nacional en Medellín y una victoria en Bogotá; continuó avanzando rondas y en la instancia definitiva, los dos equipos revivieron su enfrentamiento de 1989. En esa instancia ganaron los verdolagas.
Victoria local por 4-2 en el encuentro en el que Gareth Bale se convirtió en el jugador galés con más partidos disputados en el campeonato de liga español. La más resonante sin dudas es la de 1943, cuando el Merengue aplastó al Barcelona con un impactante 11-1. Diez años antes ya lo había goleado por 8-2. Mientras que en 1951, el Barcelona se desquitó y lo humilló con un 7-2, camisetas real madrid baratas su victoria más importante. «El Madrid vuelve a vestir de rojo 38 años después». El Madrid hace un doblete histórico al conquistar su 33ª Liga y La Duodécima. En 2021 se encontraron por las semifinales de la Liga Betplay primer semestre, con marcador de 3-2 con doblete de Carmelo Valencia y Fabian Sambueza y para el Azul goles de Fernando Uribe y Cristian Arango. El trabajo les trajo un doblete al final de la campaña 1992-93 y unas semifinales de la renombrada Copa de Europa-Euroliga. En el año 2000 Atlético Nacional y Millonarios disputaron la final de la Copa Merconorte 2000 donde empataron en Bogotá 0-0 y en Medellín el equipo paisa ganó 2-1 el 9 de noviembre para así Atlético Nacional consagrarse campeón.
Pasaron nueve años (desde su triunfo 1:2 en la Copa Merconorte de 1998) para que el conjunto azul derrotara a Atlético Nacional en Medellín. Posteriormente desde el 14 de mayo de 2000 cuando le gana por 4:3, transcurrieron seis años de sequía para Millonarios en los cuales no vio ningún triunfo frente a Atlético Nacional. Su siguiente sede deportiva quedaba en un lote ubicado en el sector de Fontanar, en la localidad de Usaquén, a las afueras del norte de Bogotá, en la Autopista Norte con Calle 220. Este predio conocido popularmente como La Finca, se asentó desde finales de los años 1980 hasta comienzos del año 2010, se había visto envuelto en múltiples disputas en los últimos 20 años, pero finalmente en 2005 se determinó que su propiedad es en un 70% del club y en 30% de la DNE (Dirección Nacional de Estupefacientes). Alcanzó la final de la Copa Confederaciones 2005 y la Copa América 2007, perdiendo ambas contra Brasil. El gol final lo anotaría Eliser Quiñones después de un zurdazo potente dejando sin oportunidad al arquero Carlos Bejarano.