El año siguiente comienza revolucionado para el club con hechos como la venta de Alonso a Vélez Sarsfield por su pelea con Di Stéfano, la vuelta de Kempes al Valencia, las transferencias de Ramón Ángel Díaz y Passarella crearon grandes huecos difíciles de compensar. Ubaldo Fillol es transferido y el conflicto con el plantel resuelto, pero queda un equipo muy debilitado y casi sin ninguna de las grandes figuras de la década anterior.
En la reclasificación del año Millonarios quedaría quinto así jugaría la Copa Sudamericana 2007. Con la dirección de Juan Carlos Osorio en el Apertura 2007 luego de una buena campaña Millonarios clasifica en cuarto lugar y entra a semifinales donde lucha hasta el último partido del grupo donde cae frente al Atlético Huila que le quita el pase a la final. Lo único que debía hacer el equipo Azul era ganar frente al América de Cali lo que dejó a los azules en segundo lugar ese año tras perder con el equipo valluno en el estadio Pascual Guerrero 2-0 , mientras tanto Santa Fe ganaba por la mínima diferencia en El Campín ante Once Caldas. En ese mismo año Millonarios disputó la tercera edición de la Copa Simón Bolívar 1972, este torneo internacional se jugó en 1973 debido a problemas entre la Federación Venezolana de Fútbol y el Instituto Nacional de Deportes, lo que provocó la desafiliación de Venezuela de la FIFA. En el último partido jugado el 28 de enero de 1973 Millonarios y Deportivo Cali igualaron 0-0 en Bogotá, lo cual dio a los «azules» el título con 5 puntos, seguido por Deportivo Cali con 4. Atlético Junior fue último con tres unidades.
Millonarios derrotó al Deportivo Portugués (Venezuela) en una serie de dos juegos en la que Millonarios pierde 2-0 en Caracas, pero en Bogotá remonta con un contundente 3-0. Irónicamente, las finales de 1971 y 1972 se disputaron en 1973, pero la edición de 1973 no se disputó. Con el regreso de Gabriel Ochoa Uribe al banquillo técnico, el club obtuvo su décimo título al vencer el Campeonato colombiano 1972. El Torneo Apertura finalizó con el equipo capitalino como ganador con 38 unidades. Millonarios llegaba a la última fecha del Campeonato colombiano 1964 con 57 puntos, dos más que el segundo, Cúcuta Deportivo. En el torneo finalización 2003 Millonarios, dirigido por Norberto Peluffo, casi clasifica a la final del campeonato. El Apertura en final al América con victoria 3-1 en Bogotá y empate 0-0 en Cali; Ell Finalización con 40 puntos, cuatro de ventaja al Atlético Nacional; La Re-clasificación con 62 puntos, nueve más que Nacional y la máxima bonificación de 2 puntos. Sin Alejandro Brand (lesionado), pero con Willington Ortiz, Jaime Morón, El goleador Juan José Irigoyen y Daniel Onega en la delantera, venció a Atlético Nacional en Medellín por 2:0, a Santa Fe en el clásico por 1:0, empató con Atlético Nacional 1:1 en Bogotá y en ambos juegos con Deportivo Cali 0:0 y 1:1, para llegar a definir todo el 20 de diciembre en la última fecha del torneo en el derbi capitalino.
Otra campaña destacada de la década fue la del campeonato de 1999. Dirigidos por Luis Augusto Chiqui García, Millonarios tuvo un invicto de 29 fechas, el más grande en la historia del club, y terminó primero en el todos contra todos del torneo finalización. El tridente de Millonarios lo conformaban Alejandro Brand, Willington Ortiz y Jaime Morón el «BOM» marcaria más 267 goles en esta década. Habían pasado ocho años luego del último campeonato nacional obtenido por Millonarios. La sección de baloncesto del club comenzó a funcionar desde el 26 de enero de 1933, cuando la Comisión Directiva del club aprobó la incorporación del Springfield para representar a Nacional. Para el Finalización culminó segundo, con el mismo puntaje de Deportivo Cali (primero) y Atlético Nacional (tercero). 69,25 puntos 21 menos que el primero América de Cali. Fue la mejor campaña de su historia en ese sistema de torneo, anotó 101 goles y solo recibió 54, con la mejor defensa, en total acumuló 86 puntos.
Millonarios se enfrentó paradójicamente con América de Cali en Bogotá esa tarde Millonarios ganó 3-1 pero ese resultado sólo le alcanzó para mantener su cupo en la Copa Libertadores ya qué Atlético Nacional que ocupaba el tercer lugar amenazaba la posibilidad de Millonarios de participar en el certamen internacional. Luego de las dificultades en el desplazamiento, Cúcuta Deportivo empieza venciendo al Once Caldas, pero en el segundo tiempo se desploma y el Once Caldas consigue el empate, escapándose la posibilidad de forzar a una final contra Millonarios, que ganó el título con un punto de diferencia. En el campeonato 2000 es cuarto tanto en el Apertura, como en el Finalización y en la tabla acumulada del año es quinto con 69 puntos los mismos que el Deportes Tolima que queda cuarto, pero queda fuera del cuadrangular final por diferencia de partidos ganados. Otra vez Millonarios llegaba a la última fecha cómo virtual campeón en el Campeonato colombiano 1975, pero su camino fue interrumpido nuevamente por su rival de patio Santa Fe qué en la última fecha llegaban empatados en puntos pero Millonarios tenía mejor diferencia de goles. Con la llamada ‘‘Línea Brasileña’’ se consigue su segundo tricampeonato en línea (al lado de América, único equipo colombiano en hacerlo), Millonarios trae a José ‘‘Pepe’’ Romeiro Cardozo, el mejor jugador del Campeonato colombiano 1963, camisetas real madrid baratas logra la mayor goleada de su historia el 7 de julio cuando golea al Deportes Tolima por 8-0. Santa Fe y Deportivo Cali lo acosaron hasta las últimas fechas pero no les alcanzó.
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